Ordner beim kopieren auf SD oder USB plötzlich leer

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ngomaichi

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Hallo zusammen,
das folgende Phänomen tritt nur auf, wenn ich große Datenmengen mit vielen Dateien von einem Medium auf ein anderes kopiere.
Mein jüngster Fall:
Ich möchte um die 50GB Dateien, die auf meinem PC mit Win8.1 gespeichert sind 1:1 auf eine SD-Karte kopieren. Die Dateien sind je 5-10MB groß, in jedem Ordner der ungefähr 900 Ordner sind 10-100 Dateien.
Beim Kopieren scheint erst einmal alles normal zu laufen, ich kopiere immer nur 10-20 Odner auf einmal um das System nicht zu 'überfordern'.
Doch wenn schon einiges kopiert wurde, passiert folgendes:
Scheinbar willkürlich werden einige Ordner als 'leer' angezeigt und wenn man sie öffnet, ist auch nichts drin, der Speicherplatz, der für diesen Ordner gebraucht wurde ist jedoch weg!
Ich habe schon einiges ausprobiert:
Anderes Dateisystem (exFAT statt Fat32), eine Alternative für den Explorer (FreeCommander), das Ganze doch in einem Rutsch zu kopieren, geändert hat sich nichts.
Da es auch auftaucht, wenn ich andere Speichermedien, z.B. USB-Sticks benutze, gehe ich von einem Softwareproblem aus. Eine Fehlermeldung wird nicht ausgegeben.
Hat jemand einen Rat für mich?
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