Ich schildere mal meine Prozedur.
Im Autostart befindet sich bei mir nur Avira AntiVir und der Windows Defender. Alles andere habe ich über Start --> Ausführen --> "msconfig" --> Systemstart deaktiviert. Programme, die sich gerne automatisch in den Autostart setzen, sind z.B. Java, Adobe Reader, ICQ, Nero... Diese Programme kann man gefahrlos deaktivieren.
Unter der Rubrik "Dienste" muss man (wie Duke schon sagte) gut überlegen, was man braucht und was nicht. Lieber einen Haken zu viel gesetzt, als zu wenig. Ich persönlich deaktiviere hier die Windows Indizierung, Media Center, ReadyBoost, Windows Fehlerberichterstattungsdienst, etc. Wenn du natürlich das Media Center benutzt, würde ich den Dienst nicht abschalten.

Aber auch Nero und Java haben einen Dienst, den man jedoch ebenfalls getrost abschalten kann. Netzwerkgeschichten würde ich grundsätzlich nicht anrühren.
Außerdem schalte ich die automatische Defragmentierung und die automatische Prüfung des Defenders ab.