Sollte die S-ATA von Acronis 6 erkannt/unterstützt werden, musst du vorher keine Partitionen anlegen.
Beim Zurücksichern hast du die Möglichkeit, die Größe der Partitionen zu verändern.
Dabei ist es dann egal, ob du sie größer oder kleiner machst, hauptsache die Daten passen halt noch drauf.
Ein Wechsel von ATA zu S-ATA ist kein Problem.
Edit:
Alternativ kannst du dir mal
diesen Thread anschauen.